普通生物濾池的處理流程一般交替式生物濾池、單級回流生物濾池流、兩級回流生物濾池等，但主要都由初沉池、生物濾池和二沉池組成。初沉池的主要是去除原污水中的大塊懸浮物，一方面可去除部分機物，另一方面是防止濾池的堵塞。二沉池主要是使生物濾池流出水中的生物膜進行泥水分離。普通生物濾池工藝的優點是，BOD的去除率可達90%以上，出水BOD可下降到25mg/L以下，硝酸鹽含量在10mg/L左右。缺點是占地面積大，易于堵塞，灰蠅很多，影響環境衛生。后來，人們通過采用濾料，革新流程，提出多種形式的高負荷生物濾池，使負荷率比普通生物濾池提高數倍，池體積大大縮小。普通生物濾池管理都較簡單，因此早期較多于小城鎮和邊遠地區。一般認為，它對入流水質水量變化的承受能力很強，脫落的生物膜密實，較容易在二沉池中被分離。

曝氣生物濾池工藝流程主要分為進水、濾料層和出水三個步驟。

廢水先通過進水管道進入曝氣生物濾池。為了保證廢水能夠均勻分布到濾料層，進水管道中通常設有進水器或者分水器。進水器可以使廢水在進入濾料層之前被均勻分配到各個濾料層，從而更好地與生物膜接觸進行生物處理。進入濾料層的廢水將通過濾料進行生物降解處理。濾料是曝氣生物濾池的重要組成部分，通常由高表面積的物質構成，如石塊、礫石、粗沙等。廢水通過濾料層時，濾料的巨大表面積提供了大量的生物膜生長空間，促進了微生物在濾料表面的附著和生長。微生物通過分解有機廢水中的有機物質來進行生物降解，將有機物質轉化為無機物質和生物質。

為了維持微生物的正常生長和活性，濾料層中需要不斷進行氧氣的供應。這可以通過曝氣裝置來實現。曝氣裝置通常位于濾料層下方，通過向濾料層中供應壓縮空氣或純氧氣，使其在濾料層中形成氣泡。氣泡的上升過程中，氣體與水中的氧氣發生受限的接觸，供給了濾料層中微生物降解有機物質所需的氧氣。